В составе московского университета действуют учебно-научные, научно-исследовательские, вспомогательные, обслуживающие и административно-управленческие подразделения. Структурные подразделения московского университета могут наделяться по доверенности ректора полностью или частично правомочиями юридического лица. Статус и функции структурного подразделения высшего учебного заведения определяются Положением, утвержденным Ученым советом Университета.

Учебно-научные подразделения высшего учебного заведения в соответствии с имеющейся лицензией могут реализовывать образовательные программы высшего, послевузовского и среднего профессионального образования, а также среднего (полного) общего и дополнительного образования. Решения Ученого совета и руководства московского университета по вопросам всех видов деятельности обязательны для исполнения всеми структурными подразделениями.

Факультет является основным учебно-научным подразделением московского университета.Факультет состоит из кафедр, лабораторий и других учебных, научных и вспомогательных подразделений. Факультет объединяет преподавателей, студентов, аспирантов и других обучающихся и сотрудников в интересах проведения учебного процесса, организации и проведения фундаментальных, прикладных и научно-методических исследований, выпуска специалистов, подготовки научных трудов и других публикаций.

Основной учебной и научной структурной единицей московского университета является кафедра. За кафедрой признается право на принятие самостоятельных решений в пределах компетенции закрепленной за ней настоящим Уставом и Положением о кафедре. Кафедра пользуется частью имущества и средств Университета.

Институт по переподготовке и повышению квалификации преподавателей гуманитарных и социальных наук (ИППК) - структурное подразделение московского университета, являющееся региональным учебно-научно-методическим центром и функционирующее на основании Положения, принимаемого Ученым советом университета.В составе ИППК факультет повышения квалификации преподавателей средних профессиональных учебных заведений и межвузовский центр проблем непрерывного гуманитарного образования

Научно-исследовательский институт физики и прикладной математики (НИИ) - структурное научное подразделение московского университета, функционирующее на основании Положения, принимаемого Ученым советом университета.НИИ состоит из отделов, лабораторий, секторов и иных всомогательных подразделений, объединяет научных работников и других сотрудников для проведения фундаментальных и прикладных исследований, служит научной базой для подготовки специалистов и повышения квалификации научно-педагогических кадров.

Специализированный учебно-научный центр (СУНЦ) - структурное подразделение московского университета, осуществляющее углубленное дифференцированное обучение по программе среднего общего образования и функционирующее на основании Положения, принимаемого Ученым советом университета.

Научно-исследовательская часть (НИЧ) - структурное подразделение московского университета, функционирующее на основании Положения, принимаемого Ученым советом университета, обеспечивающее организацию и проведение научных исследований
Научная библиотека - структурное подразделение Университета, являющееся научно-информационный центром и обеспечивающее учебный и научно-исследовательский процессы, а также проводящее самостоятельные научные исследования.

Центр дистанционного образования (ЦДО) - структурное учебно-научное подразделение, обеспечивающее дистанционное обучение по программам высшего профессионального и дополнительного образования.

Административно-управленческими подразделениями московского университета являются управления, отделы и другие подразделения, организационно обеспечивающие функционирование университета.